1988-ci il fevral hadisələrindən sonra Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin separatçı-terrorçu qruplaşmaları və Ermənistan silahlı qüvvələri Dağlıq Qarabağın ələ keçirilməsi uğrunda hərbi əməliyyatlara başladılar.

SSRİ Silahlı Qüvvələrinin Ermənistan və Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətində yerləşən hissələri də onlara qoşuldular.

Bununla, 1917-ci ilin fevralında çar hökumətinin yıxılması nəticəsində meydana gələn tarixi şəraitə bənzər vəziyyət SSRİ-nin dağılmasından sonra, yenidən təkrar olundu. Sovet ordusu sıralarında qulluq edən erməni zabitləri və keçmiş sovet hərbi hissələri  azərbaycanlılara qarşı (Azərbaycan xalqına qarşı 1918-ci ilin mart soyqırımında olduğu kimi) birləşdilər və vahid cəbhədə hərbi əməliyyata başladılar.

Əvvəlcə Dağlıq Qarabağın azərbaycanlı yaşayış məskənlərinin işğalına başlandı. 1992-ci il yanvarın 15-də Kərkicahan, fevralın 10-da Malıbəyli, Quşçular kəndləri işğal olundu, dinc və silahsız əhaliyə divan tutuldu, Xocalı və Şuşanın mühasirə məngənəsi daraldı.

Tələm-tələsik formalaşdırılmış Azərbaycan könüllülərinin Şuşa ətrafıdakı Daşaltı əməliyyatı (26 yanvar 1992) uğursuz oldu.

1992-ci il fevralın 17-də erməni və sovet (rus) hərbi birləşmələri Martuni (Xocavənd) rayonunun azərbaycanlılar yaşayan iri məntəqəsini - Qaradağlı kəndini ələ keçirdilər.

1992-ci il fevralın 25-dən 26-na keçən gecə müasir tarixin ən faciəli hadisəsi baş verdi. Erməni hərbi birləşmələri Xocalıda azərbaycanlılara qarşı dəhşətli soyqırımı törətdi.

Bu II Dünya müharibəsində faşizmin törətdiyi dəhşətli qırğınlardan sonra müasir dövrdə erməni separatçıları-terrorçuları ilə birlikdə Ermənistan hərbi qüvvələrinin insanlığa qarşı törətdiyi ən kütləvi və ən dəhşətli soyqırımıdır.

Azərbaycanın ərazi bütövlüyünə və onun xalqına qarşı çevrilmiş bu müharibədə Azərbaycan rəhbərliyinin öz xalqının deyil, Moskvanın mövqeyini müdafiə etməsi onu nüfuzdan saldı.

Xalq hərəkatının daha da gücləndiyi şəraitdə 1992-ci ilin martında respublikaya rəhbərlik edən A.Mütəllibov istefa verdi. Yaranmış hakimiyyət boşluğu Azərbaycan Respublikasının müdafiə qabiliyyətini daha da zəiflətdi.

1992-ci ilin 8 mayında erməni hərbi birləşmələri Şuşanı da ələ keçirdilər. Bununla da faktiki olaraq ermənilər bütün Dağlıq Qarabağın ərazisini işğal etdilər. Növbəti addım Dağlıq Qarabağı Ermənistanla birləşdirən Laçın rayonunun işğalı oldu. Bakıda hakimiyyət uğrunda çəkişmələrin kəskinləşməsindən istifadə edən ermənilər Laçını da tutdular (18 may).

Azərbaycan Xalq cəbhəsinin hakimiyyəti (1992 may-1993 iyun) dövründə davam edən yeni hakimiyyət çəkişmələri respublikanın müdafiəsinə ağır zərbə vurdu.

Baxmayaraq ki, 1992-ci ilin yayında Azərbaycan Ordusu Dağlıq Qarabağın şimalında xeyli irəliləyərək Mardakert (Ağdərə) rayonunu nəzarətə götürmüşdü, 1992-ci ilin sentyabrından cəbhədə uğursuzluq zolağı başlandı. Dekabrda Ermənistan qüvvələri Zəngilan rayonunun sərhədboyu bir neçə kəndini ələ keçirdi.

1993-cü ilin fevralında Azərbaycan Ordusu hissələri Ağdərə rayonunun strateji məntəqələrinə nəzarəti itirdi.

1993-cü il martın sonunda Ermənistan silahlı qüvvələrinin Kəlbəcər rayonu üzərinə hücümü başlandı. Aprelin 2-də Kəlbəcər işğal olundu.

İyun ayında Azərbaycanda dərin siyasi böhran baş verdi. Xalqın tələbi ilə Heydər Əliyev hakimiyyətə gəldi. Ermənistan Azərbaycana qarşı müharibəni davam etdirərək 1993-cü ilin iyul-oktyabr ayları arasında Ağdam (23 iyul), Füzuli (23 avqust), Cəbrayıl (23 avqust), Qubadlı (31 avqust) və Zəngilan rayonlarını (29 oktyabr) işğal etdi.

Ermənilər işğal etdikləri torpaqları "viran qoymaq" taktikasına əl atmışdılar. Müharibədə 20 min azərbaycanlı şəhid olmuş, 100 min nəfər yaralanmış, 50 min nəfər əlil olmuşdu. Qaçqın və köçkünlərin sayı milyonu keçmişdi.

Rəsmi məlumata görə, erməni işğalçıları tərəfindən 4.852 nəfər azərbaycanlı, o cümlədən 323 qadın, 54 uşaq və 410 qoca əsir və girov götürülmüşdü.

Erməni faşistləri əsir və girovların həqiqi sayını beynəlxalq humanitar təşkilatlardan gizlədir, onlarla qeyri-insani, amansız rəftar edir, qul kimi işlədir, təhqir edir, alçaldırdılar.

Azərbaycana qarşı ədalətsiz müharibə aparıldığını, onun ərazi bütövlüyünün pozulduğunu və torpaqlarının ermənilər tərəfindən işğal olunduğunu Birləşmiş Millətlər təşkilatı (BMT) təsdiq etdi. BMT Təhlükəsizlik Şurası erməni silahlı qüvvələrinin işğal olunmuş Azərbaycan ərazilərini tərk etməsi haqqında 4 qətnamə (822, 853, 874, 884 saylı) qəbul etdi. Lakin erməni işğalçıları bu qətnamələri yerinə yetirmədilər.

Ermənistan işğalçılarına qarşı mübarizədə Azərbaycanın hərbi-iqtisadi və insan qüvvələrinin səfərbər edilməsinə böyük ehtiyac var idi. Bu məqsədlə prezident Heydər Əliyev 1993-cü il noyabrın 2-də televiziya və radio ilə xalqa müraciət etdi, ciddi hərbi-təşkilati tədbirlər həyata keçirildi.

Bunun nəticəsində Azərbaycan xalqının işğalçılara qarşı ədalətli mübarizəsində müəyyən dönüş yaratmaq mümkün oldu. Noyabrın ortalarında Ermənistan silahlı qüvvələrinin Beyləqan istiqamətində hücumu dayandırıldı.

Azərbaycan ordusunun müvəffəqiyyətli əməliyyatları nəticəsində 1994-cü il yanvarın 5-də Füzuli rayonunda strateji əhəmiyyətli Horadiz qəsəbəsi və 22 kənd düşməndən təmizləndi.

Bunun ardınca Cəbrayıl rayonu istiqamətində və Kəlbəcər rayonu istiqamətində ağır döyüşlər getdi. Bununla belə, müharibədə dönüş yaratmaq mümkün olmadı. Hərçənd Azərbaycan Ordusunun işğal olunmuş Vətən torpaqlarını azad etmək sahəsində göstərdiyi rəşadət nəinki Ermənistanı, həmçinin onu müdafiə edən qüvvələri də ciddi təşvişə salmışdı.

Ermənistanın himayəçilərinin onu hərbi cəhətdən daha da möhkəmləndirilməsi, müasir silahlarla təmin olunması, bölgədə irticaçı qüvvəyə çevrilməsi xətti daha da gücləndirildi. Azərbaycan Respublikası belə bir şəraitdə 1994-cü il mayın 8-də Bişkek protokolunu imzaladı. Azərbaycanın düşmən üzərində hərbi uğurları sayəsində mayın 12-də cəbhədə atəşkəsə nail olundu.

Azərbaycana qarşı apardığı işğalçılıq müharibəsi dövründə Ermənistan Azərbaycan sərhədlərinin 360 km-lik sahəsində irəli soxularaq 20%-dək Azərbaycan torpaqlarını işğal etmiş, Füzuli rayonundakı Horadiz qəsəbəsindən Zəngilanadək 128 km-lik Azərbaycan-İran sərhədlərini nəzarət altına almışdı.

Erməni işğalları nəticəsində Dağlıq Qarabağ ərazisində 50 minədək azərbaycanlının yaşadığı 2 şəhər, 1 qəsəbə, 53 kənd tutuldu. Dağlıq Qarabağdan kənarda aparılan işğallarla birlikdə 890 şəhər, kənd və qəsəbə ermənilərin əlinə keçdi.

Dağıdılmış obyektlər, zəbt olunmuş əkin və meşə sahələri aşağıdakı kimi olmuşdu: yaşayış evləri-150000, ictimai binalar-7000; ümumtəhsil məktəbləri-693; səhiyyə obyektləri-695; avtomobil yolları-800 km, körpülər-160; su kəməri- 2300 km, elektrik xətti-15000 km, meşə sahəsi - 280000 ha, əkin sahəsi-200000 ha, tarixi abidə və muzeylər- 464.

İlkin hesablamalara görə Azərbaycan Respublikasına 60 mlrd. ABŞ dolları həcmində zərər dəymişdir. Bundan başqa Azərbaycanın civə, obsidian və perlit ehtiyatlarının hamısı, tikinti və üzlük materiallarının 35-60 %-i, meşə fondunun 23,8 %-i, su ehtiyatlarının 7,8 %-i və s. işğal olunmuş torpaqların payına düşür. Burada 2 qoruq və 3 yasaqlıq, 3 iri su anbarı da yerləşir.