Бакинское ханство было основано в 40-х годах XVIII века.

Первым Бакинским ханом был Мирза Мухаммад I (1748 – 1768). При этом хане политическая ситуация была более или менее благоприятна и экономика в ханстве была развита. При его сыне Мелик Мухаммад хане Бакинское ханство стало вассалом Губинского ханства.

Лишь после смерти Фатх-Али хана Губинского Бакинское ханство приобретает независимость. Но это происходит уже в период правления хана Мирза Мухаммада II. Вскоре после прихода этого хана к власти в ханстве начинается борьба за власть между Мирза Мухаммадом и его двоюродным братом Гусейн-Гулу ханом. Гусейн-Гулу хан смог победить Мирза Мухаммада и захватить власть в ханстве.

В 1806 году он принял зависимость от России, но сделано это было для того, чтобы улучшить внутреннюю обстановку в ханстве. Вскоре он отказался признавать власть России.

Ханство обрело полную независимость, но после Гусейн-Гулу хан понял, что необходимо объединяться с азербайджанским правителем Ага Мухаммад ханом Гаджаром, ибо Россия могла разгромить Бакинское ханство. С этого периода Бакинское ханство становится в зависимое положение от Гаджаров Ирана.