Основателем Шекинского ханства был Гаджи Челеби.

Гаджи Челеби хан первым делом хотел захватить Табриз, однако Амир-Аслан хан оказал ему сильное сопротивление и тот отступил. Гарабахское ханство также смогло отстоять свою независимость, когда Гаджи Челеби хан вместе с союзником – шамахинским ханом – напал на Гарабах. В Баятской битве союзники потерпели поражение.

Вскоре Гаджи Челеби хан смог подчинить себе Габалинский и Арешский султанаты. Кахетинский царь Ираклий II был обеспокоен успехами Челеби хана, ибо в битве между ханом и грузинами в 1751 году, Челеби хан одержал важную победу.

Тогда Ираклий решил создать союз с азербайджанскими ханами против Гаджи Челеби хана. Первым выразил свое согласие Панах-Али хан Гарабахский. К этому союзу присоединились также Казым хан Гарадагский, Гейдар-Гулу хан Нахчыванский, Шахверди хан Гянджинский и Гусейн-Али хан Иреванский. Все эти ханы отправились в Гянджу, чтобы соединиться с войсками Ираклия.

Однако в местечке Гызыл-Гая Ираклий захватил этих ханов в плен. Эта измена царя Ираклия лишний раз показала, что правители Азербайджана никогда не могли отличить истинного друга от коварного врага. Для Азербайджана это был мощный удар. Ханства могли попасть в зависимость от Грузии, которая сама все время была в зависимости от Азербайджанских государств. Однако этого не произошло.

Узнав об измене Ираклия, Гаджи Челеби хан не оставил ханов в грузинском плену, даже несмотря на то, что эти ханы заключили против него союз. Он решил напасть на Ираклия и вызволить азербайджанских ханов. Многие соратники Гаджи Челеби хана советовали ему не делать этого, ибо пленные ханы заслужили такой участи. Однако Челеби хан приказал воинам переправиться через Куру и близ Гянджи войска хана одержали блестящую победу над грузинским войском. Грузины бежали, а ханы были освобождены. Войска хана преследовали грузин до реки Агстафы.

Гаджи Челеби также завоевал Газах и Борчалы. Поступок Челеби хана еще раз показал, что азербайджанским ханам нужно было объединяться против общего врага, а не ссориться друг с другом. Жаль, однако, что этот урок правители Азербайджанских ханств так и не усвоили. Дальнейший ход истории покажет это.

Однако Ираклий II решил опять напасть на азербайджанские земли. Грузины вторглись в Джаро-Балаканское джамаатство, но Челеби хан поспешил на помощь джарцам и Ираклий потерпел еще более тяжелое поражение. В 1755 году Челеби хан хотел завоевать Ширван, но в битве при Агсу его войска отступили.

После Гаджи Челеби хана к власти приходит его сын Агакиши бек. Но его убивает тесть Мухаммад-Гасан хан. Фатх-Али хан Губинский изгнал Мухаммад-Гасан хана из Шеки и посадил на трон Гусейн хана – внука Гаджи Челеби хана. Так Шекинское ханство попадает в политическую зависимость от Губинского ханства. Однако вскоре после Гусейн хана Мухаммад-Гасан хан вновь захватывает власть в Шеки.

Фатх-Али хан Губинский в 1788 году разбил Мухаммад-Гасан хана (союзником которого был все тот же Ираклий II) близ города Шамахы. Шеки вновь попало в зависимость от Губинского ханства. Однако после смерти Фатх-Али хана Шекинское ханство вновь обретает независимость.