Берущие свое начало в основном с территории Верхнего Карабаха реки, впадают в основном в Куру и Аракс или в реки, относящиеся к их бассейнам. Высокогорные пики здешних гор являются  водоразделами бассейнов рек Куры и Аракса. Здешние реки питаются дождевыми и снеговыми водами и используются в орошении земельных угодий. Реки Тертер и Акара берут свое начало с вулканического плато. Источники Арпачая (128 км) и Базарчая (178 км) находятся на северо-западе плато. Эти реки питаются, в основном, дождевыми, грунтовыми и подземными водами. Потому  в жаркое летнее время выходят из берегов. Текущие по юго-восточным склонам Малого Кавказа реки Тертерчай, Хачинчай, Гаргачай, Акарачай, Охчучай имеют большое значение в орошении Мильской и Карабахской равнин.

Тертерчай – берет начало в Кельбаджарском районе (оккупирован 1993 г.), протекая по территориям Агдеринского, Тертерского и Бардинского районов, впадает в реку Куру. Притоки реки Тертер – реки Тутгу, Лев и Айрым. Разница в высоте между руслом и устьем – 3117 м. На реке построено Сарсангское водохранилище.

Хачинчай – берет  начало в Кельбаджарском районе, течет по территориям Агдама, Тертера и Барды, и впадает в реку Куру. Протяженность – 119 км. Разница в высоте между устьем и руслом реки – 2090 м.

Кёнделенчай – берет начало в Шушинском районе (оккупирован 1992 г), протекает по территориям Ходжавенда и Физули (находятся под оккупацией с 1993 г.), впадает в реку Аракс. Являясь левым притоком реки Аракс, имеет протяженность 102 км. Разница в высоте между устьем и руслом реки – 1780 м.

Река Баргушад (Базарчай) – берет начало в Армянской Республике. Протекает по территориям Кельбаджарского, Губадлинского, Зангеланского районов (находятся под оккупацией с 1993 г.) и впадает в реку Аракс. Является левым притоком реки Аракс, имеет протяженность: 164 км. В нее из территории Губадлы вливаются маленькие речки Ага, Бахтиярлы и Давудлу.

Река загрязняется за счет находящихся вблизи населенных пунктов (на территории Армении) промышленными и бытовыми отходами. Богатые запасы ценной рыбы  в реке разграбляются армянскими оккупантами. В большинстве случаев имеет место массовое истребление рыбы химическими веществами.

Река Акара – берет свое начало с высоты 3080 м в Лачинском районе, протекает по территориям Губадлинского и Зангеланского районов. Является левым притоком реки Аракс, протяженность – 128 км. Разница в высоте между устьем и руслом реки – 2812 м.

Охчучай – берет начало с Зангезурского горного массива (гора Гапыджыг), протекает по территории Зангелана, является левым притоком реки Аракс и имеет протяженность 85 км. На территории Армении река загрязняется химическими отходами Гачаранского медно-молибденового и Кафанского медного рудо-очистительного комбинатов, а также бытовыми и биологическими отходами городов Гачаран и Кафан (в том числе деревень, больниц, сельскохозяйственных объектов), что происходит прямо перед селом Шарикан на территории Азербайджана, превратив бассейн реки в «мертвую зону».

Гаргачай – берет начало в Шушинском районе с высоты 2080 м, протекает по территориям районов Ханкенди, Ходжалы, Агдама и Агджабеди. Река Гаргачай образовалась путем слияния рек Зарыслы и Хелфели. Разница в высоте между устьем и руслом реки – 2080 м. Основные притоки – Баллыджа, Бадара, Дагдаган и др.

Гайлагчай – левый приток реки Аракс, протекает по территории Джебраильского района, протяженность – 32 км. Берет начало с южного склона Малого Кавказа (1750 м), питается дождевыми водами. По причине широкого использования вод реки в оросительных целях, вода не достигает до устья реки.

Беситчай – левый приток реки Аракс, берет начало в Армянской Республике, имеет протяженность 44 км (из них 17 км проходит по Азербайджанской территории). Река загрязняется отходами свиноводческих ферм в горных селах Армении.