1941-ci ildən Heydər Əliyev Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında və Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində şöbə müdiri vəzifəsində işləmiş və 1944-cü ildə dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında işə göndərilmişdir.

Bu dövrdən təhlükəsizlik orqanları sistemində çalışan Heydər Əliyev 1964-cü ildən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildən isə sədri vəzifəsində işləmiş, general-mayor rütbəsinə qədər yüksəlmişdir.

Həmin illərdə o, Leninqrad şəhərində (indiki Sankt-Peterburq) xüsusi ali təhsil almış, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirmişdir.

Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin 1969-cu il 14 iyul plenumunda Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olmuşdur.

1982-ci ilin dekabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun üzvü seçilən Heydər Əliyev SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsinə təyin edilmiş və SSRİ-nin rəhbərlərindən biri olmuşdur. Heydər Əliyev iyirmi il ərzində SSRİ Ali Sovetinin deputatı, beş il isə SSRİ Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur.

Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən istefa vermişdir.

Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.

1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur.

Heydər Əliyev 1992-ci ilin noyabrında Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.

1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandıqda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbi ilə ayağa qalxdı. Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular.

Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi, iyunun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.

1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının prezidenti seçildi. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycanın prezidenti seçilmişdir.

2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina etmişdir.

Heydər Əliyev 2003-cü il dekabrın 12-də Amerika Birləşmiş Ştatlarının Klivlend Klinikasında vəfat etmişdir.

Heydər Əliyev bir çox dövlət orden və medallara, beynəlxalq mükafatlara layiq görülmüş, müxtəlif ölkələrin universitetlərinin fəxri doktoru seçilmişdir.

Heydər Əliyev dörd dəfə Lenin ordeni, Qırmızı Ulduz ordeni və çoxlu medallarla təltif edilmiş, iki dəfə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adını almış, bir çox xarici dövlətlərin orden və medalları ilə təltif olunmuşdur.

27 mart 1997-si il - Kiyevdə Azərbaycanın dövlət başçısına Ukraynanın ali mükafatı "Yaroslav Mudrı" ordeni təqdim edilmişdir.

13 aprel 1999-cu il - Prezident Heydər Əliyev Türkiyənin ən nüfuzlu mükafatı - "Atatürk Sülh Mükafatına" layiq görülmüşdür.

20 yanvar 2001-ci il - Heydər Əliyevə Moskva Dövlət Universitetinin "Fəxri professoru" adı verilmişdir.

3 aprel 2003-cü il - Heydər Əliyev Rusiya Federasiyasının Təhlükəsizlik, Müdafiə və Hüquq Qaydası Problemləri Akademiyasının professoru və həqiqi üzvü seçilmiş, Y.V.Andropov adına mükafata layiq görülmüşdür.

10 may 2003-cü il - Heydər Əliyevin Rusiyanın yüksək mükafatı - Müqəddəs Apostol Andrey Pervozvannı ordeni ilə təltif olunması barədə fərman imzalanmışdır.